Перед любыми изменениями всегда делайте резервную копию сайта и базы данных!!! Для того чтобы из кучи созданных новых разделов сделать упорядоченную структуру нужно сделать следующее. 1. Включите в настройках режим Использовать переключатель активности для категорий Включить режим в настройках общих  Включить переадресацию категорий (use_topic_linker) http://wiki.sitebill.ru/index.php?title=Use_topic_linker 2. Отключить активность категорий, которые не нуж